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Die Geschichte des Schulwesens der Stadt Weißensee geht bis ins frühe Mittelalter zurück. Man geht davon aus, dass die erste Schule in Weißensee bereits im Jahr 1265 entstand.
In diesem Jahr erhielt Weißensee das Stadtrecht. Erstmalig erwähnt wurde eine Schule aber erst in einem Schiedsbrief von 1488.
Die erste aktenkundige Erwähnung einer Schule erfolgte dann 1526. Im Mittelalter unterlag das Schulwesen in unserer Stadt der Kirche und dem Johanniterorden. Im Jahr 1540 trat die erste Schulordnung in Kraft. Im 17. Jahrhundert befand sich die Schule im Pfaffenhof. Durch einen Brand wurde die Schule im Jahr 1722 zerstört. Daraufhin wurde ein neues Schulgebäude errichtet, welches aber bereits 20 Jahre später wieder einem Brand zum Opfer fiel.
So errichtete man 1744 auf dem Kirchplatz ein neues Schulgebäude, welches bis in das 20. Jahrhundert hinein genutzt wurde. Ab Ostern 1913 durften auch Mädchen gastweise die hiesige Lehranstalt besuchen. Bis dahin war dies nur den Jungen erlaubt. Im Jahr 1925 wurde dann eine Volksschule gegründet. Mit dem Wandel der Schulverhältnisse im Zeitraum 1930-1945 veränderte sich auch die Schule in Weißensee.
Im Jahr 1946/47 wurde aus der ehemaligen Volksschule eine Polytechnische Oberschule (POS). Die Schule befand sich zu diesem Zeitpunkt auf dem Gelände der Runneburg. Auf Grund steigender Schülerzahlen und des desolaten Zustands der Schule entschloss man sich im Jahr 1971 zum Bau einer neuen Schule in Weißensee. Daraufhin wurde eine neue Schule am Fischhof errichtet, welche am 04. Januar 1974 eingeweiht wurde.
Aus der ehemaligen POS wurde 1991 eine Regelschule. An ihr lernen die Schülerinnen und Schüler von der 5. Klasse bis zur 9. Klasse (Hauptschulabschluss) oder bis zur 10. Klasse (Realschulabschluss). Den Namen „Geschwister Scholl" trägt die Schule seit 1950. Im Jahre 2005 wurden die Staatlichen Regelschulen in Weißensee und Kindelbrück aufgelöst und am Schulstandort Weißensee eine neue Regelschule eröffnet. Mit Neugründung hat die Regelschule in Weißensee ihren ehemaligen Namen verloren.